En 1557, Catalina Martina al otorgar testamento ante el escribano público de la villa Zufre, Alonso Sánchez Paniagua deja en una de sus mandas una serie de bienes al mismo. Entre otras cosas, una cama de ropa, un colchón de lana, una manta y un par de almohadas de lienzo.

La devoción a San Miguel en detrimento de S. Sebastián, Patrón del Concejo de Zufre, al menos en 1642, poesía una capilla anexa al hospital. El Concejo nombraba un Mayordomo por un periodo que oscilaba entre uno y cinco años, tomándole cuentas al finalizar el mandato.

En 1728 el Concejo pierde el Patronazgo del hospital y la ermita al no cumplir con los mandatos de la visita que efectuó al mismo Andrés Masturio y Texada, Visitador General del Arzobispado de Sevilla. La ruina que presentaba el edificio y lo indecente de la capilla son las causas de esta pérdida, no habiéndose atendido los continuos requerimientos sobre su reparación.

El 16 de diciembre de 1731, bajo el amparo de las Casas Capitulares, se firma un acuerdo entre el Concejo, integrado por Alcaldes ordinarios, el Alguacil mayor, los registradores y Oficiales, con el abogado de los Reales Concejos del reino y Visitador General del Arzobispado de Sevilla. Los primeros recuperan el patronazgo del Hospital y Cofradía al comprometerse a reedificarlo para que puedan celebrarse en él los cultos que anualmente se hacen al Santo en el mes de Agosto, ya los que tenían obligación de asistir.

La finalidad del Hospital era dar asistencia y amparo a los pobres y transeúntes que se encontraban en la Villa. Se financiaba con el rendimiento anual de una serie de propiedades que procedían en su mayoría de donaciones y legados acumulados durante años. A finales del siglo XVIII el Hospital de S. Miguel contaba con diferentes tributos, censos y réditos.

Durante el siglo XIX llega su decadencia. El Hospital no se libra de los saqueos de las tropas francesas en la población, y que afectaron sobretodo al Concejo y a la iglesia con el expolio de sus bienes de plata. Años más tardes y debido a las expropiaciones de las propiedades eclesiales, desaparecen sus medios de financiación saliendo estos a subasta pública y siendo adquirido por propietarios locales.

Una de las últimas juntas Celebrada el 27 de diciembre de 1836, cuando se presentan las cuentas al Ayuntamiento. Es además en estos tiempos cuando desaparece la advocación a S Miguel, pasando a ser conocido como Casa Asilo de Pobres.

La nefasta situación del edificio y la institución conlleva a que en 1874 se comience la tramitación de un expediente para su venta. El local, utilizado como Escuela de Primera Educación, sufre un estado de ruina tal que perjudica a los edificios colindantes. Así el 18 de Abril de 1850 se otorga escritura de permuta por Antonio Suárez, Presidente del Ayuntamiento, a favor de Antonio Duque Sánchez de un pedazo de terreno en el corral del Hospital por el costo de la rehabilitación del edificio.

Con el tiempo, la festividad del Santo decae y no será hasta el 6 de febrero de 1924, siendo Párroco de Zufre Juan Ignacio Rueda y Alcalde Aquilino Duque, cuando el nuevo Cementerio construido en el solar de la Era Piojas queda bendecido con el nombre de Cementerio Católico.

La Ermita de San Miguel, hoy reconvertida en una instalación turística, aún conse