Como uno de los Patrones del Concejo de Zufre, San Sebastián gozó de una gran devoción en la Villa hasta finales del Siglo XIX. Su Cofradía fundada a principios del Siglo XVI contó con enormes ingresos fruto de las rentas de sus bienes que fue acumulando desde su fundación, debido ante todo a las donaciones de sus Capitulares.

La Ermita ubicada en una de las entradas históricas de la Villa sirvió de lazareto durante los Siglos XVII y XVIII y ya a mediados del Siglo XIX se instaló en su recinto el Cementerio de la Villa hasta los años 20 (Siglo XX).

Arquitectonicamente, a parte de toda la uniformidad del Conjunto, lo más destacado del Santuario es el arco polilobulado de su entrada de estilo barroco popular, la bóveda que la cubre es de 1.700 sustituyendo un tejado anterior a dos aguas. En su interior se encuentra la Imagen del Santo de  1.800.